از طرف دیگر، گوگل و سایر موتورهای جستجو از الگوریتم‌های خود محافظت می‌کنند تا نتایج بهتری را برای کاربران نمایش دهند و به خوبی می‌دانند که اگر نتایج آنها برای کاربر مناسب نباشد بازار خود را از دست می‌دهند.
این موضوع باعث شده که افراد مختلف فعال در زمینه سئو، نظرات متفاوتی در مورد عملکرد گوگل داشته باشند و بعضا تصورات اشتباهی درباره آن شکل گیرد. در سال‌های اخیر گوگل سعی کرده است با ایجاد منابع آموزشی و ارتباط با مدیران سایت‌ها، به آنها در جهت بهبود کیفیت محتوا و تجربه کاربری (تجربه‌ای که کاربر در زمان مشاهده سایت خواهد داشت و سهولت استفاده از سایت) آموزش دهد. در حال حاضر جان مولر مدیر تحلیل مدیران سایت‌ها در گوگل است و وظیفه ارتباط با مدیران سایت‌ها در دنیا را بر عهده دارد. هر ماه سوالات زیادی از او در سراسر دنیا می‌شود و او به برخی از سوالات که برای دیگر مدیران سایت‌ها هم مفید است پاسخ می‌دهند.
لینک‌های ورودی یکی از فاکتورهای مهم رتبه بندی سایت‌های اینترنتی است
یکی از فاکتورهای تاثیرگذار در سئو سایت، لینک های ورودی به سایت است. گوگل کیفیت وب سایت‌ها را بر اساس کیفیت لینک‌های ورودی به آنها اندازه‌گیری می‌کند و این گونه تصور می‌کند که اگر یک صفحه در اینترنت از محتوای خوبی برخوردار باشد، خارج از آن صفحه و در سایت‌های دیگر، کاربران در مورد آن صحبت می‌کنند و به آن صفحه لینک می‌دهند. این موضوع بر‌اساس الگوریتم رتبه صفحه (Page Rank) در گوگل اندازه‌گیری می‌شود. به مرور زمان مدیران سایت‌ها با کشف این الگوریتم توانستند نتایج گوگل را تغییر دهند و رتبه سایت خود را بهبود دهند، به همین دلیل گوگل در سال ۲۰۱۱ تصمیم گرفت که الگوریتمی با نام پنگوئن ارائه کند که وظیفه مقابله با لینک‌هایی را بر عهده داشت که با هدف بهبود نتایج گوگل ایجاد شده‌اند و به اصطلاح گوگل غیر طبیعی هستند.
با ارائه الگوریتم پنگوئن، اتفاق جدیدی در نتایج گوگل رخ داد که به آن سئو منفی می‌گویید. سئو منفی شامل روش‌هایی است که رقبا از طریق آن می‌توانند رتبه سایت شما در گوگل را تحت تاثیر قرار دهند و با ایجاد لینک‌های غیرطبیعی رتبه را نابود کنند. در همین حوزه حتی وب سایت‌هایی ایجاد شدند که خدمات سئو منفی ارائه می‌دهند و به صورت تضمینی رتبه سایت رقیب در گوگل را از بین خواهند برد! گوگل، برای جلوگیری از چنین اتفاقی ابزاری را برای بی اثر کردن لینک‌های اسپم و بی کیفیت ایجاد کرد تا مدیران سایت‌ها از طریق آن بتوانند لینک‌های اسپم را بی‌اثر کنند، نام این ابزار Disavow links است و در سرچ کنسول گوگل قابل دسترس است.
گوگل به مرور زمان نسخه‌های مختلفی برای الگوریتم پنگوئن ارائه کرد و نهایتا از حدود دو سال پیش، الگوریتم پنگوئن نسخه ۴.۰ را به هسته خود منتقل کرد. پس از انتقال این الگوریتم به هسته گوگل، نتایج گوگل جابجایی زیادی پیدا کردند و لینک‌ها به صورت مستقیم تاثیر آنی در رتبه بندی نتایج گوگل دارند.
سئو منفی به مقبولیت گوگل لطمه می زند
نکته قابل توجهی که باید در نظر گرفت این است که گوگل همواره در تلاش است، تاثیر فاکتورهای در دسترس در نتایج را کاهش دهد و مدیران سایت‌ها به راحتی نتوانند نتایج را تغییر دهند، به همین خاطر در سال‌های اخیر تلاش کرده است تا سئو منفی را از بین ببرد و اجازه ندهد که دیگران بتوانند رتبه سایت را نابود کنند.
جان مولر در پاسخ به سوال رضا شیرازی، مدیر وب 24 در خصوص چگونه لینک‌های بی کیفیت را برای سایت بی اثر کنیم و این که آیا روش یا ابزاری برای شناسایی کیفیت لینک‌های ورودی به سایت وجود دارد، گفت: معمولا لازم نیست کاری انجام دهید، پیشنهاد می‌شود صرفا برای بی اثر کردن لینک‌هایی که مشکل‌زا هستند (مانند لینک‌های قدیمی که خریده شده است) استفاده شود، نه فقط برای اینکه احساس می‌شود آن لینک‌ها اسپم هستند و از سایت‌هایی ایجاد شده‌اند که آنها را دوست ندارید. این کار را کمی راحت‌تر خواهد کرد!"
با توجه به پاسخی که مولر به این سوال داده است، گوگل تاثیر منفی لینک‌های بی کیفیت به سایت را از بین برده است و افرادی که قصد تخریب رتبه سایت شما در گوگل را دارند، با ایجاد لینک‌های اسپم و بی‌کیفیت نمی‌توانند رتبه هیچ سایتی را دچار مشکل کنند و این اتفاق جالبی در این حوزه است. گرچه هنوز ابزار disavow links کاربرد خود را برای از بین بردن لینک‌های خریداری شده از سایت‌های دیگر خواهد داشت، زیرا خریداری لینک با هدف بهبود رتبه در نتایج گوگل، کاری خلاف محسوب می‌شود.
نکته مهم دیگری که باید به آن توجه داشت الگوریتم Over Optimization گوگل است، این الگوریتم وب سایت‌هایی که بیش از حد بر روی سئو تمرکز دارند را جریمه می‌کند، یکی از مواردی که این الگوریتم به آن توجه دارد نحوه لینک‌های ورودی به سایت است و اگر این لینک‌ها به صورت غیر طبیعی ایجاد شده باشند باعث جریمه شدن وب سایت خواهد شد.